xã Khâm Thành hiện nay trước đây vốn là hai xã Khâm Thành và Ngọc Chung thuộc huyện Trùng Khánh.
Ngày 9 tháng 9 năm 2019, Hội đồng Nhân dân tỉnh Cao Bằng ban hành Nghị quyết số 27/NQ-HĐND[3] về việc sáp nhập một số xóm thuộc hai xã Khâm Thành và Ngọc Chung.
Trước khi sáp nhập, xã Khâm Thành có diện tích 23,58 km², dân số là 1.854 người, mật độ dân số đạt 79 người/km², có 10 xóm: Pác Chang, Nậm Sum, nà Gọn, Phia Hồng , Nà Nôm, Đà Hoặc, Bản Mới, Phia Gà, chăm che, Lũng Kít. Xã Ngọc Chung có diện tích 20,82 km², dân số là 1.053 người, mật độ dân số đạt 51 người/km², có 9 xóm: Cốc Chia, Giộc Vung, Giộc Khăm, Nặm Thúm, Pác Pó, Lũng Chuông, Lũng Bắng, Lũng Chát, Pác Quan.
Ngày 10 tháng 1 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 864/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã thuộc tỉnh Cao Bằng (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2020)[2]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Ngọc Chung vào xã Khâm Thành. hiện Nay xã Khâm Thành có 9 xóm gồm Giộc Vung, Đồng tâm, Pác Bó, Lũng Chung, Nậm Sum, Pác Chang, Phia Hồng, Bản mới, Đà Hoặc.